A partir des orientations fixées par le congrès, le conseil syndical élabore le plan de travail de la CFDT-CCI, en définissant les positions à défendre et à promouvoir, ainsi que les moyens à mettre en œuvre, en élaborant et contrôlant le budget.

C'est aussi le conseil qui reconnaît, institue et anime les sections syndicales et suit leur activité. Il prépare, mandate et contrôle l'activité du bureau national. Enfin, il définit l'organisation de l'information et de la formation syndicale des adhérents, des délégués syndicaux et du personnel des CCI.

Le conseil syndical est composé de représentants de sections élus par le congrès. Il comporte 40 membres au maximum. Il peut faire appel à la participation, avec voix consultative, d'invités : responsables confédéraux, fédéraux, inter-professionnels, militants ou retraités CFDT-CCI, responsables syndicaux CCI des DOM-TOM, etc. Enfin, il élit en son sein les membres du bureau national.