C'est l'assemblée souveraine des adhérents. Il réunit les délégués mandatés des sections syndicales qui élisent à cette occasion les membres du conseil syndical.

Le congrès détermine, dans tous les domaines, les orientations générales de la CFDT-CCI, et se prononce sur les rapports d'activité et financier.

Le congrès syndical se réunit tous les 4 ans - le dernier en date a eu lieu à Erdeven en mars 2018.